Brañes, María José. "Corallaria, de Tito Livio Frulovisi (comedia humanística latina). Introducción, texto, traducción, notas e índice de palabras". Proyecto FONDECYT Regular nº 1160111. Coinvestigadora. Investigador responsable: Antonio Arbea Gavilán (2016-2017).
Brañes, María José. "Los jesuitas y el territorio II: fe, mundo y misión en Chile colonial. Santiago/Valparaíso, Concepción y Chiloé)". Proyecto Pastoral UC. Coinvestigadora (traductora). Investigadora responsable: Elvira Pérez, Facultad de Arquitectura (2016-2017).
Brañes, María José. "Nueva edición de las fuentes franciscanas en castellano, 'Fuentes franciscanas I'", ESEF-Madrid. Colaboradora a cargo de la traducción de Officium rhythmicum y Vita sancti Francisci de Julián de Espira. Proyecto a cargo de Julio Herranz (OFMCap) (2015-2019).
Brañes, María José. "Estudio interdisciplinario de dos libros de horas iluminados del Museo de Artes Decorativas". Proyecto Fondart nº 44632. Coinvestigadora. Investigador responsable: Daniel González Erices (2015-2017).
Brañes, María José. "Estudio interdisciplinario de un libro de horas iluminado del Museo de Artes Decorativas". Proyecto Fondart nº 8113. Coinvestigadora. Investigador responsable: Daniel González Erices (2013-2014).
Brañes, María José. "Edición de la comedia humanística Annularia". Proyecto FONDECYT nº 1100594. Participación en calidad de estudiante de doctorado. Investigador responsable: Antonio Arbea (2010-2012).
Brañes, María José. "Transcripción paleográfica, edición y publicación de cartas anuas de la Compañía de Jesús en Chile, 1615-1690". Colaboradora a cargo de la transcripción y traducción de dos cartas escritas en latín. Investigador responsable: Jaime Valenzuela (2010-2012).
Brañes, María José. "Retazos de autoridad: transmisión y conocimiento de los autores clásicos en el Chile del siglo XVII. El caso del Cautiverio Feliz". América latina y lo Clásico; lo Clásico y América Latina. Nicolás Cruz y M. Gabriela Huidobro (eds.). Libro en proceso de edición (FCE).
Brañes, María José. "Letras latinas en Chile colonial". Historia crítica de la literatura chilena. Grínor Rojo (dir.), Stefanie Massman (ed.). Libro en proceso de edición (LOM).
Artículos de revista
Brañes, María José. "Tres posibles fuentes de las auctoritates contenidas en el Cautiverio feliz". Anales de literatura Chilena 17 (2016): 213-226. ISI.
Brañes, María José. “Ovidio en Cautiverio”. Anales de Literatura Chilena 18 (2012): 13-36. ISI.
Arbea, A., M. J. Brañes y J. Beltrán. “Las fuentes plautinas de la comedia humanística latina Annularia (ca. 1500) de Egidio Gallo”. Revista Chilena de Literatura 82 (2012): 55-73. ISI.
Brañes, María José. "El 'Chilidúgú' del padre Bernardo Havestadt. Introducción y selección". Onomázein 14 (2006/2): 65-99.
Notas y reseñas
El teatro en la Hispanoamérica colonial. Edición de I. Arellano y J.A. Rodríguez Garrido. Revista Chilena de Literatura 75 (2009): 331-341.
Epistolario de Sor Dolores Peña y Lillo (Chile, 1763-1769). Edición de Raissa Kordic Riquelme. Onomázein 18, 2008/2: 175-179.